O governo de Geraldo Alckmin (encerrado em 2006) é acusado pelo Ministério Público do Estado de São Paulo de ter cometido irregularidades em contratos firmados com o Instituto Uniemp, Fórum Permanente de Relações Universidade/Empresa. É no Uniemp que fica o escritório do Projor, Instituto para o Desenvolvimento do Jornalismo, entidade mantenedora do Observatório da Imprensa. O Uniemp nega ter cometido irregularidades.
O Uniemp, à época dirigido pelo professor Carlos Vogt, hoje presidente da Fapesp (Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo), fez a passagem do Observatório da Imprensa da Unicamp, onde consistia numa atividade de natureza acadêmica, para a internet, mediante articulação com o Comitê Gestor da Internet no Brasil, que apoiou a criação do Observatório da Imprensa Online. O O.I. foi hospedado no servidor do Uniemp entre abril e outubro de 1996, quando passou para o Universo Online.